Phoma

01 · Référence

Note de lecture et périmètre

La Phoma du plan directeur SILLOVA demande une fiche transversale sur le phoma couvrant l’identité scientifique, les cultures hôtes, les symptômes, le cycle, les conditions favorables, le diagnostic différentiel, les impacts et la gestion intégrée. Le présent dossier reprend ce socle et l’élargit à la difficulté majeure du sujet : le mot « phoma » est resté dans le langage agricole alors que la taxonomie moléculaire a profondément remanié les anciens Phoma. [S1-S4]

Pour SILLOVA une fiche transversale utile ne doit donc pas fabriquer un faux cycle biologique commun Elle doit servir de routeur diagnostique identifier la culture et l’organe atteint faire correspondre l’ancien nom Phoma au nom scientifique préféré actuel puis appliquer les leviers propres à ce pathosystème Cette logique évite par exemple de transposer au tournesol…

02 · Référence

Résumé exécutif

« Phoma » est un nom historique largement polyphylétique. Les anciennes espèces de Phoma se trouvent aujourd’hui dans plusieurs lignées ; Phoma sensu stricto ne couvre qu’une partie de cet ensemble. [S2-S4]

Sur colza, le phoma du collet est principalement associé à Plenodomus lingam, synonyme Leptosphaeria maculans / Phoma lingam. Les macules foliaires d’automne ne constituent pas à elles seules la nuisibilité : la phase dommageable est la nécrose basale du collet et de la tige. [S5-S10]

03 · Référence

Pourquoi « Phoma » est un cas particulier de taxonomie phytopathologique

Pendant une grande partie du XXe siècle, Phoma a servi de grand conteneur taxonomique pour des champignons produisant des pycnides et des conidies hyalines unicellulaires ou peu cloisonnées. Cette approche morphologique était pratique pour la phytopathologie, mais elle regroupait des organismes qui ne partageaient pas une histoire évolutive unique. Les travaux multilocus ont montré que Phoma était fortement polyphylétique, avec des espèces réparties dans plusieurs familles de Pleosporales. [S2-S4]

La révision de 2010 a montré la faiblesse des anciennes sections morphologiques la révision de 2015 des Didymellaceae a utilisé notamment ITS LSU rpb2 et tub2 pour redéfinir les genres et transférer de nombreuses espèces Pour une base agricole moderne l’ancien nom doit être conservé comme synonyme de recherche mais ne doit pas servir d’identifiant…

04 · Référence

Cultures concernées et importance agronomique en France

La priorité française n’est pas homogène selon les cultures Le colza est le pathosystème le plus structuré en matière de génétique de résistance de surveillance et de conseil technique Le tournesol présente une maladie distincte historiquement appelée phoma des tiges ou maladie des taches noires La pomme de terre est surtout concernée par des pourritures de stockage à Boeremia tandis que la tomate la luzerne le pois le trèfle et le lin illustrent la persistance…

05 · Référence

Diagnostic transversal : partir de l’hôte, pas du nom de la maladie

Les pycnides - petits organes de fructification asexuée souvent noirs - constituent un fil conducteur morphologique de nombreux anciens Phoma Mais leur présence n’est ni obligatoire à tous les stades ni spécifique à un seul genre Sur colza les macules de phoma présentent classiquement des points noirs correspondant aux pycnides sur tomate des pycnides peuvent ponctuer les chancres ou lésions sur pomme de terre elles peuvent apparaître dans les cavités de pourriture L’observation doit être…

5. Replacer le symptôme dans le calendrier : automne sur colza, remplissage sur tournesol, stockage sur pomme de terre, taille et forte humidité sous serre pour tomate.

6. Comparer avec les principaux diagnostics différentiels de la culture ; confirmer en laboratoire lorsque la décision technique ou économique est importante.

06 · Référence

Cycles biologiques : points communs et différences

Les anciens « Phoma » partagent souvent la production de conidies dans des pycnides, mais le rôle épidémiologique de la phase sexuée, des résidus, du sol, des semences ou des blessures varie fortement. Une fiche transversale doit donc présenter les motifs communs sans créer un cycle artificiel unique. [S2-S7]

Sur colza les pluies d’automne et des températures douces favorisent la maturation et l’émission des ascospores à partir des résidus puis l’infection foliaire Sur tomate l’humidité prolongée les pluies la rosée et l’aspersion sont particulièrement favorables avec des contaminations facilitées par les plaies Sur pomme de terre l’humidité influence le stockage mais la blessure mécanique…

07 · Référence

Colza : le pathosystème de référence en France

Le phoma du colza correspond principalement à Plenodomus lingam, nom préféré EPPO, encore très couramment nommé Leptosphaeria maculans dans la littérature agronomique et scientifique. L’EPPO conserve LEPTMA comme identifiant stable et liste notamment les synonymes Phoma lingam et Phoma brassicae. Plenodomus biglobosus, LEPTBG, appartient au même complexe mais est généralement considéré comme moins dommageable. [S5-S7]

Historiquement, la maladie a causé des épidémies majeures en France ; la combinaison de progrès génétique et de pratiques agronomiques a profondément modifié son importance. Le risque n’a toutefois pas disparu : la durabilité des résistances spécifiques dépend de la structure des populations du pathogène et de la manière dont les gènes sont déployés. [S7-S13]

08 · Référence

Colza : gestion intégrée et réglementation phytopharmaceutique

1. Choisir une variété TPS avec un profil de résistance connu et adapté au contexte régional.

3. Gérer les résidus de colza infectés et les repousses en cohérence avec les règles locales, notamment en zones vulnérables.

5. Utiliser les BSV, la météo, les modèles d’émission et les observations comme informations de risque, sans confondre signal d’inoculum et seuil automatique.